菌種經接種時人為切割，菌絲受到損傷，生活力有所下降。為使菌絲盡快恢復生長，接種后把木段堆放在適宜條件下，使菌絲在木段中萌發、定植、繁生，這就是上堆發菌的目的。

　?、俣褕龅倪x擇。堆場要選擇在離村屯遠，靠近水源的地方。特別要遠離糞堆及垃圾場。堆場環境要干凈，空氣新鮮。背風向陽。

②堆放方法。堆積前，先在地面墊上石塊，使耳木離開地面。然后將已接種的耳木按粗細長短，不同品種分開。以“井”字形堆積。堆高100厘米，耳木之間留5厘米空隙，以便通風換氣。堆長以耳木多少而定。段木上堆后，四周和堆上面用塑料薄膜嚴密覆蓋。

　?、郯l菌管理。經塑料布嚴密封蓋的耳木堆，堆內溫度保持20一28℃，空氣相對濕度保持在80％左右。為保持堆內有一定的新鮮空氣，晴天中午掀開四周薄膜通風換氣，如溫度過高，要掀開塑料薄膜通風降溫。以免溫度過高燒傷菌種。塑料薄膜覆蓋的耳木堆，要特別注意及時通風換氣。因為木耳菌是好氣性真菌，在它的生活過程中吸收氧氣，排出二氧化碳。所以及時通風換氣，以滿足菌絲發育的需要。

　　上堆7天后，要翻一次堆。將每堆耳木上下內外調換位置，使之發菌均勻。以后每隔7天翻堆一次。每次翻堆時，都要觀察耳木的干濕程度，如濕度不夠，每隔4―5天噴1次細水增濕，噴后樹皮稍干再覆蓋，以防雜菌感染。

　　一般翻堆3―4次后，菌絲已向木質部伸展，耳木上也會有少量耳芽出現，這時就可散堆排場。