用棉稈栽培雙孢菇、香菇、木耳、銀耳、金針菇、竹蓀等木腐菌類食用菌，營養成分比較豐富，與玉米秸、麥秸、稻草相比，其粗蛋白含量z高可達6.5%，且粗纖維含量高，也是栽培食用菌的優質原料。我國的棉花產量約占世界的1/4，不少地區都是棉花主產區，利用原料廣泛的棉稈、棉籽殼栽培雙孢菇等食用菌，既可節約大量木材，還可使棉花附加值得到極大提高，是棉花產區大量棉稈資源得到轉化利用的新門路。這里介紹利用棉稈栽培雙孢菇的主要技術：
　　一、棉稈加工。采用截斷、粉碎等破碎設備（使用中小型玉米芯粉碎機即可），將棉稈加工成長10厘米左右、片段狀的碎料。加工的時間z好以12月前后為宜，因這時收獲后的棉稈還比較潮濕，內部含水量在40%左右，加工的棉稈合格率可達98%以上。如棉稈放置時間長，太干燥，需要噴水后再加工，這樣不僅會產生大量粉塵、顆粒、棒狀料，影響培養料的質量，還會增加人工等栽培成本。
　　二、優質配方。因棉稈營養成分、硬度與麥秸、稻草有很大差別，不能照搬麥秸、稻草栽培雙孢菇的配方，應結合雙孢菇正常生長的營養要求和棉稈的營養特點，盡可能為雙孢菇的快速、健壯生長提供z佳的、營養成分俱全的培養料。生產實踐證明，用棉稈栽培雙孢菇每100平方米的優質培養料配方為：棉稈2000kg，牛糞1500kg、餅肥(棉籽餅、菜籽餅、豆餅、花生餅均可)100kg、尿素5kg、碳酸氫銨8kg、過磷酸鈣10kg、石膏30kg、生石灰40kg。
　　三、配料預濕。糞肥提前2～3天預濕。棉稈因組織致密、吸水慢和吃水量小等原因，預濕也是必要的，若水分過小易發生“燒堆”。預濕方法：挖一溝槽，內襯塑料薄膜，然后往溝里放水，添加水量1%的生石灰。然后把棉稈放入溝內水中，并不斷拍打，浸泡1～2小時，待吸足水后撈出。檢查棉稈吃透水的方法是抽出幾根長棉稈用手掰斷，以無白心為宜。
　　四、分層堆料。堆料前先鋪一層棉稈，約30厘米厚，堆寬2米，長度視料量而定。然后在上面鋪一層糞肥，以蓋沒棉稈層為度，糞肥上再鋪30厘米厚的棉稈，上面再撒一層糞肥。這樣一層棉稈一層糞肥，按次序往上堆疊，直到料堆高達1.5米為止。餅肥和尿素一般在中間層加入，下層不加，上面幾層僅加碳酸氫銨。溶于水的配料要隨水使用，以利充分發酵和吸收。堆料時注意料堆四周是否垂直、整齊、密實。頂部用碎料壓實做成弧形，堆頂覆蓋草苫防曬。下雨時蓋薄膜，防止雨水淋入料內，雨后及時揭去薄膜，以利通氣發酵。由于棉稈吃水能力低，透氣性好，加上太陽的幅射，升溫快，料堆表層溫度極易升到80℃。實際上發酵需要的是不同溫型微生物的協同作用，整堆料升溫過快、過高，并不利于種群的調整和發酵的進行，所以料堆方向以南北為宜。
　　五、翻堆發酵。建堆后6天進行第一次翻堆。翻堆時分層加入過磷酸鈣和一半石膏粉，并澆水調濕到料內有水流出。第二次翻堆在第一次翻堆后5天進行，翻堆時再加入另一半石膏粉。前兩次翻堆時z關鍵是注意料堆的含水量。由于棉稈吸水慢、吃水量小，蒸發散失水分快。因此，借翻堆的機會補水是保證棉稈發酵優良的重要措施。缺水的外觀表現為白點層過密過深甚至達到料堆的底部、棉稈色淺。前兩次補水，要用大水量，每次補水補到有少量水流出為止。第三次翻堆在第二次翻堆后4天進行，加入石灰粉使料的pH值達7.5。第三次翻堆后4天進行第四次翻堆，第四次翻堆后3天進行第五次翻堆，此時料堆寬、高不變，長度縮短。當料堆的表面積減少，不再補充水分。培養料發酵好后3天即可進棚，發酵總時長20～25天。發酵好的培養料，棉稈呈深咖啡色，有發酵香味，無臭味、無氨味，含水量在62%左右，與牛糞混合均勻，PH值在7～7.5。若采用二次發酵，對處于床架上蒸發失水的培養料要補充水分后再播種。
　　六、覆土澆水。需覆厚土和重澆出菇水。因為利用棉稈栽培雙孢菇，對雙孢菇的品種和栽培季節沒有特殊要求，和傳統利用稻草、麥秸等栽培雙孢菇技術基本是一致的，主要步驟還是鋪料、接種、發菌、覆土、出菇、采收等。栽培模式一般仍采用地面床栽或層架式床栽。當菌絲長至接近料底部時可以覆土，但由于菌絲在以棉稈為主料的培養料上生長特別旺盛，需覆厚土才能將菌絲生長優勢轉變為出菇優勢。覆土厚4厘米為宜，可采用一次覆土法，覆土后把土層調到手搓成團又不粘手的程度。在棚溫15℃左右時，5天內菌絲便可扎入土層。同時，當菌絲在覆土層內充分繁殖，需及時噴大量的結菇水，以土層表面光亮或稍有積水為宜，促使菌絲由營養生長向生殖生長過渡，4天左右便有大量菇蕾形成，以后管理同常規。