有機食用菌栽培所用原料包括主料和輔料，有木屑、棉籽皮、作物秸桿、動物糞便、玉米芯、棉籽餅、豆餅、麩皮、米糠和礦物質等。這些物料經過玉米芯粉碎機粉碎之后就可以用作食用菌的原料了。物性有機原料如農作物秸桿、玉米芯、棉籽皮、果樹枝、麩皮、玉米粉等須來源于經過認證的有機農業生產企業順耕種過程中嚴格遵守不使用轉基因產品、化肥、農藥等禁用物質。保證在整個運輸貯存過程中不接觸化學物質。動物性有機原料如牛糞、馬糞等應來源于以有機方式飼養的動物。飼養中做到：用天然飼料或有機飼料；不選用轉基因動物品種；以散養或福利的方式養殖動物。
木屑，美國、日本和歐盟都規定，有機食用菌生產所用的段木和木屑必須取自無污染的原始森林，而且保證在運輸過程中不被有害物質污染。有人認為，在我們遠離城市的廣大林區，其段木和木屑應該視為有機原料用于有機食用菌生產。對于樹木的利用，應以不影其生長和環境的可持續發展為原則。而村莊、城市、路邊或田邊生長的樹木，不能做為有機原料用于生產。野草，實踐證明，對于草腐菌和某些木腐菌，用野草為原料進行栽培可以獲得較高產量。對于遠離村莊和農田的高山或草原，其野草可以作為有機食用菌生產的原料。為提高某些食用菌品種的產量（主要是草腐菌），在原料中需加入少量有機肥，對于有機食用菌生產所加肥料應是有機認證機構認證的有機肥。