培養基的滅菌是菌種生產成敗的關鍵，未經滅菌的培養基中存在著大量的微生物，常常導致菌種污染，給生產造成損失，目前菇農普遍采用的滅菌方法是常壓蒸氣滅菌。常壓蒸氣滅菌的常壓滅菌灶用磚砌成，選直徑110厘米的鐵鍋，用磚砌高100厘米、直徑120厘米的鍋筒，內外用水泥抹光滑。

培養基裝入滅菌鍋后，用較厚的塑料膜和麻袋片把鍋筒口包蓋住，用繩子捆綁結實，然后用旺火猛燒，在z短的時間內將鍋燒開。待塑料膜鼓氣后成饅頭狀時，說明鍋已燒開，滅菌從這時開始計時，要持續8-10小時，確保滅菌徹底，一些菇農往往在滅菌上麻痹大意，因雜菌污染嚴重導致制種失敗。常壓滅菌時要做到“三防止”，一要防止中途降溫，中途不得不得?；?，如鍋內達不到100℃，在規定時間內則達不到滅菌的目的。二要防止燒干鍋，在滅菌之前鍋內要加足水，在滅菌過程中，如果鍋內水量不足，要及時從注水口注水。三要防止存在滅菌死角，如鍋底著火部位不均，鍋筒口處僅從一端漏氣等等都可能出現滅菌死角。